研究室之配置依研究方向為規劃之主軸。
生物相關研究室
分子生物研究室-基礎醫學研究為主，主要研究方向為分子生物學
臨床分子醫學研究室-主要研究方向為臨床分子醫學與生物醫學材料相容性，
基礎分子醫學研究室-主要研究方向為基礎分子醫學
口腔免疫暨組織研究室-本研究室除牙週病之研究外，主要研究方向亦包括口腔免疫學等方面之探討。
流行病學研究室-主要研究方向牙科公共衛生與流行病學研究。
細胞生物研究室-基礎醫學研究為主，主要研究方向為細胞生物學。
癌症暨幹細胞研究室-基礎與臨床癌症醫學研究並重，主要研究方向為癌症幹細胞研究與探討。

材料相關研究室
口腔材料研究室I-主要研究方向為物理性測試及電化學腐蝕試驗等研究。
口腔材料研究室II-主要研究方向為鑄造、研磨 、切割及融烤性等相關之研究。
陶瓷研究室-主要研究方向為陶瓷材料等研究。

特殊實驗室
生物安全第二級實驗室-生物安全第二級實驗專用研究室。本研究室嚴格管制人員進出，刷卡電腦並立即記錄進入時間以確保使用上之安全。
貴重儀器室-配置公用、貴重的各項儀器設備，以利師生使用。

口材所走廊
研究方向與特色
　　目前本所學程完備，日後發展目標，除於教學、研究外，亦將努力拓展與國內外其他學校之交流，將本所發展提升至國際化水準，讓學生有機會於就學中到他校交流學習。同時本所將積極推展產學合作，將研究成果申請專利並尋求企業界之合作，創造就業機會，協助畢業生就業，以達到學以致用的教育目的。
　　本所之研究發展方向與重點與世界口腔醫學之重點研究方向具一致性。現階段之於材料組研究方向與主題為口腔金屬材料之研究與發展、口腔生物材料相容性、毒性之研究、口腔生醫材料開發－如高分子陶瓷材料與聚合體之發展、牙齒美學材料－陶瓷材料之改良研究、牙齒填充材料之研發－樹脂類之材料、口腔儀器設備之研發－診斷與治療儀器等。而生物組之研究重點則著重在口腔癌症之致疾機轉與治療、牙周致病菌之作用機轉與研究、微生物與免疫之研究、細胞毒性之研究與牙科公衛與統行病學之研究等等。
　　期望本所成為國內最優秀之口腔生醫材料研究發展中心與口腔癌之研究治療中心。