本系學士班教育目標為「培養具備誠愛精勤胸懷與管理運營知能的物理治療師，以因應精準復健、長照賦能與健康促進的需求」。以醫學大學而言，我們著重在建構一所以醫學全人教育為導向的大學，引領學生培養人文氣息與高尚品格，體認感恩回饋的意義，以醫學專業知識照護全體人類的健康，提升人的生活品質，本系因應政府與民眾需求，培養在各醫療院所急性後期照護、長期照護、社區健康促進與預防醫學、運動場、以及自費市場之獨當一面的物理治療人才。

本系學士班核心能力為「PILOT」，意為領航者，象徵中山物治的悠久歷史與傑出校友表現。PILOT即Professional、International、Life-long Learning、Organized以及Thoughtful。

具完整物理治療評估、計畫及介入之能力 (Professional)：
熟悉物理治療四大領域理論以及相關物理治療的醫學知識，並實際應用於臨床實務。學生能根據所學的物理治療專業知識，有獨立進行物理治療評估的能力，並針對病患的物理治療問題，擬定適當物理治療目標及計畫，並能執行有效的物理治療方案之能力。

具科學探索及國際接軌之能力 (International)：
啟發對多面向學術議題的興趣，並會注意本專業相關議題於國內社會及國際間的發展變化，進而將專業素養與學術興趣結合，並能樂於參加國際醫療實(見)習及參與國際研討會報告。

具終身學習之能力 (Life-long learning)：
物理治療專業的發展與時俱進，必須具備終身學習之能力特質，才能在個人職涯上具備足夠之競爭力。終身學習之能力包含具有終身學習的理念和人格特質，能獨立及自我學習以及能自動參與各種形式的學習之能力。

具基本行政管理之能力 (Organized)：
培養學生了解現代醫療體制並熟悉物理治療在臺灣地區醫療保健系統的工作角色、功能和作業之相關法規等現況，從而具備擔任物理治療行政領導者的基本管理能力與發展物理治療專業的素養。

　　本系碩士班的教育目標為「培養具備物理治療專業知識、科學探索與研發技能、以及團隊合作與溝通技巧的專業人才，建立跨領域整合與創新科技轉譯與領導管理的素養，以因應精準復健、長照賦能與健康促進的需求」。碩士班的核心能力為：

具進階健康與物理治療相關知識：

　規畫進階健康與物理治療課程，以因應國際物理治療專業技術薘勃發展。

具科學探索及研究發展之能力：
　激發學生研究興趣，培養學生發現問題、蒐集分析資料、設計實驗、操作驗證、歸納演繹、撰寫報告等實驗研究的能力。在從事研究的過程中，學生從蒐集、閱讀、分析外文資料來增進運用外國語文的能力，促成學生多元學習。

具團隊合作及溝通之能力：
能以相互尊重及關懷的態度，共同完成任務，並樂於與他人分享。能以語言、文字及圖像等方式清楚表達自己的想法，也能掌握他人所傳遞的信息，及虛心接受建議的涵養。

具尊重、理解、關心及愛護之人文關懷 (Thoughtful)：
　　學習、認識並了解自己與他人之間的不同，對於不同意見與表現能予以理解並尊重，進而關懷與愛護人群、生命、社會、環境與自然。