系所歷史
　　醫療系統攸關整體國民的健康品質，更進一步影響國家整體經濟的發展，因此如何善用醫療資源遂成國家整體發展的重要一環。由於醫療資源與醫病相關資訊量大且複雜，因此如何利用資訊及網路科技協助醫療機構提昇醫療品質也成為一重要的學術發展發方向。
　　本校及附屬醫院在醫學相關領域已有相當傑出的表現，為更進一步提昇學校整體發展潛力，於92學年度成立資訊管理學系，招收第二類組學生，配合本校教學醫院之資源與發展，期能培養兼具資訊、網路、管理及應用（特別是醫學相關領域）的全方位知識經濟時代人才。97學年度更名「應用資訊科學學系」，同年成立碩士班。
　　因應少子化及老人化問題，醫學資訊跨領域相關應用乃未來趨勢，101學年度起更名為「醫學資訊學系」，結合學校教學醫院資源與發展，期能培養兼具資通訊等相關技術應用於醫學(醫療)與健康照護之跨領域醫療資訊專業人才。
本系為了培養學生宏觀的國際視野，107年起實施海外見學計畫，帶領學生參訪日本筑波大學人工智能研發中心與北京大學資訊管理系，期望透過見學參訪和論文發表，強化學習成效並促進合作交流，同時也讓學生提升對於國外文化的認識。

系所宗旨
　　提升國內醫療資訊品質，積極培育具有醫療資訊技術與系統整合管理能力之人才。

教學目標
　　融入人文素養與專業倫理，培養宏觀視野與創新應變能力的跨領域人才。
　　運用附屬醫院資源，提供醫療資訊系統與資料庫學習環境。
　　結合醫學系所資源，提供橫跨臨床醫學與生物統計的完整知識。
因應高齡化社會，發展預防醫學與個人化健康管理資訊系統。
與非營利機構合作，落實社會關懷，培養學生終身學習精神。